Наверное решил проблему.
Увы
Загрузился с break=down. При выключении показало что разделы винта отмонтировались, сквоши нет, а флешка вообще не упоминалась.
Из МагОС решил запустить fsck.fat, он сразу сказал что установлен dirty bit.
Вот приехал на работу, проверил, Винда ругается, но ошибок ФС нет.
Еще разок загрузился в ПРА, Винда снова ругается.