Для постоянной работы на одной машине можно сделать ремастеринг sfs. Я об этом уже писал. Копируем в пустой каталог всё содержимое /initrd/pup_ro2, туда же поверх скопированного содержимое /initrd/pup_rw. Копировать можно и командой из консоли, и в графике, перетаскиванием из одного окна в другое, результат будет одинаков. По окончании даём команду mksquashfs <dirname> pup_301-new_my.sfs и помещаем новый sfs на место старого. Теперь удаление save-файла ничем не грозит.