Я бы пока ничего не менял. Делать ключ для отключения mklist смысла не вижу. Проще сразу mksquashfs
Но и делать одиночные модули со списками теперь тоже особого смысла нет. Разве что если списки нужны по другому поводу как у дяди Шурика. Для магос склоняюсь к тому, чтобы оставить все как сейчас. Базовые модули без списков, свои и склеенные со списками. У вас, как я помню, контейнеры есть сразу в дистре, то есть тоже ничего менять не надо.
Предлагаю хорошенько все проверить, повысить версию и больше в мастер фич не добавлять, только фиксы. А под фичи, если таковые будут, завести ветку devel или pfs_v4 например.