ISO и EXE - это разные типы распространяемых пакетов. EXE скачивается отдельно, а не содержится в ISO. И то, и другое - по сути своей архивы, содержащие файлы паплета и его загрузки.
Раздел загрузки винды трогать вообще не надо. Чем он мешается-то?
Паплетов, имеющих загрузочную структуру ПРА, вообще нет, по-моему больше. Даже archpup и alphaos имели стандартный состав Puppy, где для загрузки требовалось ровно 3 файла.
Нынешний alphaos чуть другой, но все равно не ПРА. Структура загрузки у ПРА почти такая же как у Портеуса. Больше ни у кого такой нет.
Если надо, я могу собрать пункты запуска из моих menu.lst для всех фругалных систем, которые я ставил: разные Puppy, PRA, Porteus, slitaz, slax, alphaos. Austrumi мне удавалось запустить только с флешки. CDLinux не удалось вообще.