GRUB. Обычно устанавливается в директорию /boot, но это не обязательно, просто так условлено. Menu.lst находится внутри директории grub. В предыдущих версиях PuppyRus была ошибка, Puppy устанавливался в директорию /puppy301 , а в menu.lst генерировалась стандартная для Linux запись пути к ядру /boot/vmlinuz , приходилось исправлять вручную. Найдите запись Puppy в /boot/grub/menu.lst и исправьте /boot/vmlinuz на /puppy301/vmlinuz , /boot/initrd на /puppy301/initrd и psubdir=boot на psubdir=puppy301 ( последней записи может не быть, она ограничивает поиск файлов Puppy только внутри указанной директории )
Кстати , GRUB - очень хороший загрузчик, только надо понять некоторые его "странности"