Эти start.sh получается перекрывают друг друга и при старте системы выполнение скриптов не организовать. Кстати, а вы запускаете /start.sh или
... bundles/packname/start.sh, а то если модуль не в первый слой подключить можно совсем не тот start.sh выполнить.
Можно оба подхода совместить наверное. Например скрипт, который запускается и при старте системы и при pfsload запускать с правами рут. А start.sh с правами пользователя. То есть pfsload firefox.pfs и тут же браузер запускается.
Вот только существует ли такой каталог откуда гарантированно при старте системы все запустится?
З.Ы. Это просто мысли вслух, для мозгового штурма