да именно правкой desktop файлов, и добавляю собранные программы в меню и с иконками, если таковых файлов нет.
В сборке так и будет, все будет запускаться из меню, не переживайте, главное напишите в теме толстый пуппи в одном посте список нужных программ, если какие либо пакеты программ у вас есть выложите их, что бы не искать, но пока только собираю виндовые программы отдельными модулями, тестирую их, чтобы при подключении было в меню и с иконками и как оно работает в пуппи через вайн, например winamp то открывается то нет,при перемещении окна может вообще исчезнуть, а при закрытии и вовсе остаются всякие виндовые процессы в памяти, приходиться убивать их в htop, а в aimp3 етих проблем нет,поетому тщательно тестирую каждую виндовую программу на коректный запуск, закрытие и нагрузку, и выбираю лучшее по етим параметрамм.