в pfs-update-caches про модули ядра не забыли? И вообще - в чем по замыслу отличие pfs-update-caches и в update-cache?
Отличие только в том, что update-cache проверяет все сразу, и если хоть один пакет содержит что-то, требующее обновления - обновляет.
pfs-update-caches запускается при горячем подключении/отключении каждого пакета, соответственно, если подряд подключить их несколько, то и апдейт может быть вызван не один раз.
Модули ядра не включал. depmod - тяжелая операция, будут тормоза. Надо один раз собрать все модули ядра в кучу, запустить depmod и результаты его работы положить в базу - после этого modprobe будет работать почти на всех модулях ядра и depmod запускать не потребуется. Не пройдет такой метод только с проприетарными драйверами nvidia, потому что там для разных моделей карт модули ядра называются одинаково. Но драйвера nvidia на горячую вроде бы не подключают, а если подключают, то и depmod надо делать из start.sh пакета.
Грузить модули ядра при подключении пакета - можно и вставить, но вот нужно ли? Чего им память зря занимать, если использующее их приложение не запускается? Может лучше, если нужны они, скажем, виртуалбоксу, так пусть он их и грузит при своем старте при помощи какой-нибудь обертки?