Мне кажется можно просто копировать в tmpfs. Проверяем достаточно ли там места, копируем и подключаем.
То есть в addlayer добавляем кусочек, который проверяет fs на которой источник, если нормально подключает как сейчас, если aufs, то монтирует tmpfs $SYSMNT/tmpfs$N, копирует туда источник и подключает слой. А delaufs при наличии $SYSMNT/tmpfs$N, размонтирует его и удаляет.
Копирование в tmpfs дело быстрое, всяко будет не медленнее чем старые варианты утилит.
У нас это давнишняя проблема, что с aufs не подключается модуль, вообще не понимаю как у вас в основную систему подключается там же такая же петрушка.