Для инсталлера это без разницы. Имя главного sfs берётся из PUPSTATE - PUPSFS, как туда записывается при загрузке. Но различные расширения (system files -sfs / programm files - pfs) могут оказаться полезными в дальнейшем. Например, Sfs грузятся на стадии init и не отключаемы, Pfs грузятся на стадии sysinit и могут быть отключены/подключены "на лету".