Насколько я знаю архитектуру Linux, монтировать файловые системы можно в любой каталог, и не важно, в какой файловой системе этот каталог находится. Главное чтобы каталог существовал в момент монтирования.
В модульных дистрах не только /var, но и сам корень '/' собирается из слоёв. В PuppyRus именно так (в MagOS, думаю, так же?).
А если так, то какие грабли могут быть в /var, которых не будет в корне '/' ?