По умолчанию в эмуляторе терминала присутствует странная помесь из шрифтов с засечками (верхняя строка меню и строка подсказок) и без засечек.
Предлагаю использовать в эмуляторе терминала шрифт terminus, раз уж он все равно включен в дистрибутив, для улучшения вида текста в терминале.
Для этого достаточно убрать все фантазии на тему шрифтов из ~/.Xdefaults закомментировав в нем строки:
Rxvt.font: ...
Rxvt.boldFont: ...
Rxvt.italicFont: ...
А в файле ~/.Xresources закомментировать третью строку (*font: ...) и добавить новую строку:
*font: -xos4-*-medium-*-*-*-16-*-*-*-*-*-*-*
После перезапуска Xorg или после выполнения xrdb -merge .Xresources, если перезапуск иксов нежелателен, шрифты в терминале будут как на втором скрине.
Возможно такой вид стоило бы включить в дистрибутив по умолчанию.