Покрутил
yad (кстати обновил твоим) показывает в трее масштабированную им иконку --notifications--image=
Документированных ключей для --image в мане нет
Т.е. размер иконки не изменить
Внутри квадрата цифры максимальной величины. Если сделать больше - вылезут за его пределы
Получается - только у автора yad спросить - как увеличить размер иконки в трее (т.е. как повлиять на масштабирование)
Отправил автору