defaults.list генерируется для набора программ, допустим ты создаешь пакет epdf в чистой системе, у тебя генерируется и попадает в пакет файл defaults.list с комплектом ассоциаций система+epdf.
Я запускаю систему + пакет wine + пакет libreoffice, система генерирует мне при загрузке defaults.list с учетом этих автоподключенных модулей. А потом в сеансе работы я хочу подключить пакет epdf, который своим содержимым заменяет мне defaults.list сгенерированный при загрузке, и я снова получаю система+epdf.