У нас так вышло, что тени вообще никак не учитываются. Собрать модуль с тенями получится только с ключиком -l, а подключить вообще никак. Предлагаю во всех случаях монтирования aufs добавить =ro+wh вместо =ro. В обычных модулях теней все равно нет, а если есть то нужно их учитывать мне кажется.