Copy2ram, использую.
Возможно из-за этого. Т.е. обновляется модуль в памяти, который после ребуда пропадает
Не понимаю про права на запись в /modules.
Если запущено с СД, то не обновится
После обновления flash я сохраняю систему
в pfs и надеюсь,что тем самым обновление
сохраняется (закладки и др. настройки
браузера сохраняются же).
Если вы выбрали тип сохранения "только настройки" flash не должен сохраниться
Если запутались - пересоберите модуль флэша руками (unsquashfs + mkpfs) с заменой либы