Без конкретных примеров и подробностей - это разговор ни о чем.
На сегодня вроде бы все явные косяки сохранения в 090-*.pfs отловили. Этим типом сохранения сам пользуюсь уже несколько лет на разных машинах.
Все же, если есть проблемы, то пишите какой дистр, как установлен и куда, на одном и том же компе, ну и остальные подробности, чтобы можно было воспроизвести глюк.