Удалять ненужное? Пожалуй, только руками, но и головой думать не забывать.
Дело в том, что PuppyRus при установке разворачивается из архива (squashfs), но не собирается из пакетов, как ALTLinux, Ubuntu и им подобные. Программы, входящие в основной sfs, большей частью скомпилированы из исходников и не отмечены в установщике пакетов PetGet, поэтому простым методом их не удалить. Надо найти не только основной исполняемый файл программы, но и зависимые библиотеки, которые могут быть востребованы другими программами, поэтому удалять их без "тотальной проверки" небезопасно.
Если хотите, беритесь за это дело.