Тут беда в том, что подключение через sfs-get и через /modules -разные вещи.
В первом случае start.sh выполняется (и соответственно может или зависимости скачать или хотя бы подсказку дать, что еще нужно)
а из /modules -не выполняется. Соответственно, иногда копирование отдельного pfs в /modules не даст работоспособного пакета - зависимостей не хватает. Вообще-то, я думаю, это действительно серьезный недочет, поскольку именно копирование в /modules вроде как призвано быть самым простым методом подключения, доступным любому пользователю, даже тому, который в линуксе еще не ориентируется вообще.
Для исправления ситуации неплохо бы при любом методе подключения start.sh выполнять. На этапе initrd, пожалуй, еще рановато, а вот в тот же update-cashe вставить наверно можно? Пройтись циклом по бранчам и попадающиеся start.sh отработать.
Одна проблема: многие start.sh сразу пытаются запустить приложение, чего в данном случае нам не надо. Можно вставить запуск под условие, проверять, например переменную окружения NOSTARTAPP, вот только это во всех pfs start.sh исправлять придется.