На overlayfs нет множественных бранчей.
Можно будет написать враппер: aufs->overlayfs. Тогда не надо переписывать будет.
Из плюсов - overlayfs поверх overlayfs.
Из минусов - производительность на базе fuse как ни крути будет медленнее.
Я скорее всего overlayfs буду изучать. Если вдруг напишу врапер, то вам сообщу.