Думаю что, пока ещё не поздно, и не начата серьёзная работа, надо отделить консольные утилиты PFS от графических на уровне GitHub-а.
Разделение на [под]каталоги, ИМХО, не очень удобно, к тому же меняются пути к файлам, что может создать проблемы со старыми коммитами.
Предлагаю сделать форк проекта pfs-utils / pfs-utils в его текущем состоянии, и назвать его, например pfs-utils / pfs-utils-GUI
Затем удалить из основного проекта всё, что связано с GUI и интернационализацией, и PuppyRus-специфичные скрипты и симлинки.
А из pfs-utils-GUI убрать основные скрипты. И уже только потом вносить изменения в основной проект либо в GUI, по необходимости.