при frugal установке, программы будут удалены из "верхнего" слоя , то есть появятся отметки об удалении в pupsave2fs файле.
Чтобы действительно был эффект ( уменьшение размера дистрибутива) нужно делать ремастеринг live-cd.
Многие "ненужные программы( разные утилиты, например) весят очень мало и их удаление мало что дает.