Сделал. Хелпа нет пока тут опишу.
--mask | -m "^[0-9]" Маска для системных бандлов, которые надо подключить. Подключаются в том же порядке что и в системе, за исключением модулей, которые под маску не подходят. Маска в формате grep.
--mlist "/путь/файл.pfs;/путь/папка" Список папок и модулей через ";" Подключаются в порядке перечисления.
--flist /путь/файл.lst список модулей и папок из файла по одному на строку, подключаются в порядке перечисления.
Все три способа можно скомбинировать. Сперва подключаются модули по маске потом по списку потом из файла, не зависимо от того в каком порядке вы их в chroot2pfs передадите.
Если слои никак не заданы, то подключаются все те слои что в системе подключены и в том же порядке.
З.Ы. Вот сижу сейчас и думаю. Если я сейчас в магос в chroot2pfs передам --mlist список базовых модулей от ПРА у меня модули для пра будут собираться
)