Пришел, но ничего рассказывать не буду )))
Файлы */.DirIcon, как и compton сделаны только для красоты и на функционал никак не влияют, можно и выбросить при желании.
Перепроверять модуль rox нет свободного времени... /usr/.DirIcon ссылается на /usr/share/pixmaps/contact48.png, что могло сломаться? А просто файл исчез, т.к. применена тема значков /usr/share/themes/Nimbus, которая обрезанная и состоит всего из 36 файлов, а обычные темы > 50 значков, вот и все. Проверять надо 070-Lf140311.pfs, т.к. темы и значки там.