Тут получается интересная ситуация, надо подумать как разрулить.
Для атомарного модуля списки не создаются, по этому ваш спек лежит одинокий. А когда вы добавляете --list, mkpfs видит, что папка со спеком существует и считает, что это контейнер, в атомарных модулях же этой папки нет. Отсюда и submod.
Постараюсь что-то придумать.