Модифицировал скрипт.
Создаю список подключенных вручную модулей - /tmp/sfs_list
Модули из этого списка "остаются зелеными" при выполнении sfs_all_off.
Считаю, что модули подключены вручную, если путь/имя не содержат "packages" и "pupm".
Это не очень здорово, но лучше ничего не придумал.
Прошу тестировать.