Ого, спор на 4-х страницах, раз нельзя использовать стандартные каталоги, то вспомните название проекта и дистра и сделайте в корне каталог /puppy и туда монтируйте все нестандартное, а именно базовые модули в /puppy, а все остальные модули в /puppy/modules и будет все наглядно.
З.Ы. Но на мой взгляд понятнее всего было бы для базовых модулей /mnt/puppy и для всех остальных /mnt/puppy/modules