все очень просто, для того чтобы работало сохранение в папку, вам всего лишь нужно в загрузчике прописать путь к папке сохранения, все, после загрузки система автоматом будет сохраняться туда, то есть будет работать как обычно фул установленный линукс, вот мой пример
kernel /pra/vmlinuz-3.14.17-pf4 dir=pra changes=/mnt/sda1/pra