В Линуксе много путей, и вы вправе выбрать тот, который сочтёте самым правильным. Можно форматировать флешку, и можно не форматировать, можно разбивать на разделы, и можно не разбивать, можно копировать файлы вручную, и можно мастером - в любом случае конечный результат будет практически одинаков. Установка GRUB-а - отдельная процедура, и тоже делается по разному. Можно использовать и другие загрузчики. Пробуйте, ищите, и всё получится.