pfsmerge -f - собираем составной модуль из этих папок
Вообще я думал, что так и работает, только потом понял что каталог в параметрах можно указать совсем в другом смысле. Повторю еще раз идею по поводу pfsinstall ибо идея в общем та же.
Выносим код который создает списки файлов и каталогов из mkpfs в libpfs и используем его повторно для pfsmerge dir1 dir2 dir3, и для pfsinstall dir (только с pfsinstall файлы /etc/packages/bla-bla должны записываться не в dir, а сразу в систему, чтоб в самом каталоге изменений не было и при этом сохранялась возможность pfsuninstall)