Шифрованная сохранёнка не поможет, во время работы системы она примонтирована, а значит доступна, в том числе и простейшему трояну. Другое дело, кому нужен пароль сети, находящейся вне зоны радиодоступности.
Написал простой GUI на gtkdialog для подключения Wi-Fi и сейчас думаю, оставить "одноразовым", без сохранения пароля, или привязать к стандартному для Puppy net-setup.sh? Главный плюс net-setup.sh - автоматическое подключение к "знакомой" сети, про минус я уже писал.