В общем проблемка мелкая и не сильно мешает, но все же нервирует.
Установил я к примеру очередную прогу или просто решил переставить значки в меню - в общем, открываю jwmrc и правлю. ОК, перезагрузка JWM - все работает. Перезагрузка компа - все ОК, работает. Далее ставлю еще какую-то программу - глядь, а настройки jwmrc вернулись к старым. Иногда при этом появляется файл jwmrc-previous с моими настройками, иногда нет.
я, конечно, каждый раз копирую jwmrc в бэкап и восстанавливаю в случае слетания, но это ж не есть хорошо.