Это проблема скорее всего с железом, точнее его дружбы с конкретным ядром, у меня на одном из ноутов (Samsung R20+) происходит зависание при перезагрузке и выключении на ядрах 4.7.0 и 4.8.4, откатился на 4.5.1 и все стало нормально, на ядре 4.4.1 от game тоже все нормально, так что похоже в самых свежих ядрах изменилось в плане поддержки не слишком нового железа.
При выключении/перезагрузке на экране пишет об остановке демонов и отмонтировании ФС, а последние строки такие:
The system is going down NOW!
Sent SIGTERM to all processes
Sent SIGKILL to all processes
Requesting system reboot
... и замирает все.
А ноут Acer (см.подпись) с новыми ядрами нормально выключается/перезагружается, хотя железо у ноутов одного времени (2008 г.)