Перенёс систему на флешку. Swap прежний - /dev/sda3. Первая "чистая" загрузка, система уснула и проснулась нормально. TUX_PATH естественно пришлось вписать в menu.lst. Перенёс на флешку сохранёнку. Уснула, проснулась,... и исчезла свободная память. После "нормальной" перезагрузки система уснула и проснулась нормально.
Думаю, что автоматическая перепаковка initrd.gz - излишество. Проще добавить пункт меню в установщик. А кто использует "чужой" загрузчик, так всё равно руками вписывать приходится.