Проверяю на Windows XP. На диске С должен быть каталог Slacko-Puppy-55, а там три файла Puppy: initrd.gz, puppy_slacko_5.5.sfs, vmlinuz. На диске C также должен быть файл menu.lst и там должна быть запись:
title Slacko Puppy 55
find --set-root --ignore-floppies /Slacko-Puppy-55/initrd.gz
kernel /Slacko-Puppy-55/vmlinuz psubdir="Slacko-Puppy-55"
initrd /Slacko-Puppy-55/initrd.gz
boot
Может просто нет места на диске и puppy_slacko_5.5.sfs не скопировался или Windows установлена не на диске C. Дайте больше информации по menu.lst и по каталогу Puppy.
Сейчас пробовал перемещать каталог с Puppy с диска C на диск D и на E. Загрузка всё-равно происходит. При попытке удалить Puppy, если каталог был перемещён, возникает диалог, который просит указать файл uninst.exe. Если его правильно указать (он в перемещённом каталоге) - происходит удаление Puppy. Также у меня происходит корректное удаление Grub даже если перемесить каталог с Puppy на другой раздел.
В принципе можно рекомендовать перемещать каталог с Puppy с раздела C на раздел D, где обычно хранятся музыка и фильмы, много свободного места и подальше от системы.