В MagOS по умолчанию базовая часть в initrd. Но потом можно в любое время подключить "на лету". Это примерно также, как у вас при помощи pfsload можно бранч положить на верхний уровень и тд. У нас это командой activate делается.
Универсальный скрипт я вижу вполне может быть на dracut. По сути его задача - собирать корень из бранчей, которые смотрят на точки монтирования локальные, сетевые и тд.
А вот что внутри модулей будет - маленький LFS, большие DEB, RPM дистрибутивы или что-то еще - это уже вторичное. За ним не угонишься. Я сторонник того, чтобы это было что-то отечественное.
Насчет pfs-utils, то делать наверное ничего не нужно. Версии squashfs совпадают и ориентир на aufs. Поэтому они будут работать без изменений. Тут вижу основное - это наладить совместную разработку, чтобы можно было переносить идеи в единый код.