Нужно сравнивать не старый модуль с новым. А то что в системе в данный момент с новым модулем без его подключения. Если сходится, то pfsrebuild собрал все правильно и проблему надо искать в другом месте. Если отличия есть, то тогда нужно разбираться с pfsrebuild. Вернусь еще к этой теме.