У меня на Ретро б11а всё пучком.
Специально загрузился начисто из Frugall через grub.
Перегрузился, сделал сохранёнку при выключении.
Первый раз запуск дольше, т.к. идёт проверка на обновление. При выключении:
PuppyRus - завершение работы
затем стандартно пишет о сохранении в pupr_200.3fs (размер 64 мб. для тестирования) буквально 4-5 секунд и всё ОК. Грузится потом быстро и всегда пишет о сохранении.
Т.е. дело в железе всё же, вернее в нестыковке может временнОй.