Модуль записывается один раз при завершении, в папку пишется постоянно. Сейчаа у нас сломано, но еще весной можно было загрузиться с флешки в ram, вытащить флешку поработать, воткнуть флешку и при выключении системы изменения сохранятся в модуль. Это раз, ну и модуль сильно меньше папки это два.
Uird не сложный, он просто очень удачно, на мой взгяд, спроектирован. Это не я делал, по этому могу восхищаться смело
Все эти возможности вроде загрузки обычных инсталляций линукс не задумывались заранее. Они просто возможны потому, что для uird без разницы что, откуда и как соединять в aufs. В нем нет предопределенных файлов, папок, расширений и так далее. Из-за этого и не совсем очевидные параметры. Вот ду маю как случай с установкой фулл линукса в папку упростить, может достаточно добавить поиск в папках для uird.scan=legacy?