Я использую для этих целей Cherrytree (отдельная программа для работы не нужен веб, сохраняет все в один файл,который можно скидывать на облако),а также веб сервисами Pocket и Simplenote, для последних есть приложения и для телефонов с android,при наличии большого обёма флэш носителя и интернет соединения они автоматом синхронизируют данные с веб версси, с приложением на телефоне,по моему очень удобно ... на телефоне можно все просматривать и без интернета, потому что файлы сохраняются на телефоне локально...
я когда-то как и вы архивировал сайты целиком,либо их копию в pdf-e но потом открыл для себя замечательные программы для ведения заметок с древовидной структурой, outwiker, Cherrytree, pocket это нечто а ля evernote в нем можно сохранять весь контент со страницы,если вы хотите сграбить несколько страниц сразу то wget вам в руки но я не вижу смысла в этом, потому что контент разбавлен флудом ,например таким как мой
, и я предпочитаю сохранять целевые порции...