Цвет фона как раз и меняется, если тема gtk Adwaita, Eucalypt или Polished-Blue, то сообщения всплывают с однотонным фоном оттенков серого, а когда выбрал темы gtk XPLuna, то получил то, что на картинке. Значит фон можно менять через тему gtk, вот только какой элемент темы gtk за это отвечает?
З.Ы. Темы Raleigh или Stardust вообще не меняют фон, а используют то, что было перед их использованием.