точнее сказать wget через proxy. Чуть не спросил на форуме, но в последний момент нашел инфу на мурге и решил поделиться (вдруг кому пригодится).
Итак, в файле /etc/wgetrc надо найти и раскоментировать одну из строк (смотря какой прокси)
#http_proxy = http://proxy.yoyodyne.com:18023/
#ftp_proxy = http://proxy.yoyodyne.com:18023/
Естественно вместо
http://proxy.yoyodyne.com:18023 прописать свой прокси:порт
Всё. после это менеджер пакетов будет качать через проксик