если вы делаете фругал установку, то все, что написано в п.1 не нужно, система сама поставит загрузчик в п.2. Достаточно загрузится с cd, получить рабочую систему, запустить фругал установку и указать куда.
А вот в последних строках непонятка - вы копируете модули в папку base, а потом пишете, что модуль появится в папке optional. Не так. Скачивается в optional по дефолту (хотя можно указать другой путь), а чтобы автозагружалось надо поместить в modules. (можно и в base, но так не принято, там системные модули...)
В общем случае нет разницы куда ставить систему - на hdd или флэшку. Для фругал методика одна, скопировать образ в корень и установить загрузчик grub. На hdd даже проще, не надо править биос для загрузки.
Здесь подробнее
http://wiki.puppyrus.org/users/sewar/start1?&#установка_на_hdd