От добавления /etc/alternatives/x-session-manager/<link> вреда не будет.
Не до конца понял замысел. Может пока это в свой модуль добавите...
1) 99-media_automount.rules каким-то образом блокирует загрузку модулей ядра.
Всех ? Ядро из прар2008?
Нет монтирования через rox.
Не знаю как оно там сделано.
2) В меню отображаются не все иконки.
В tint у меня тоже такое есть. Там лечится переименованием иконок со.сложными.именами.svg в простыебезточек.svg. Тут даже не знаю, как красиво решить...
Писать скрипт автофикса - перебор
Наверное - вообще слить меню и юзать vala-panel-runner или весь tint слить. vala-panel более юзерфрендли и не тяжелее
Короче - от "легких" ДЕ легкости нет , а проблемы есть