В магос по задумке base это папка для системных модулей. То есть все, что в сборке. Modules и optional - для пользовательских. Это я не к тому, что так правильно, а к тому, что звоя логика есть. При обновлении заменяются все модули в base. В модулес и опшенал - ваши модули обновляете сами.