Заметил, что независимо от использования jwmtst или jwm-xdgmenu2 в меню там, где значек описан так icon="gtk-*", то значек не отображается, так вот, чтобы не переделывать десктоп-файлы надо, чтобы в файле ~/.jwmrc был прописан для поиска значков еще и такой путь /usr/share/icons/hicolor/22x22/stock/image.
Если сделать так:
<!-- <Icons> -->
<!-- <IconPath>$HOME/.icons</IconPath> -->
<IconPath>/usr/share/icons</IconPath>
<IconPath>/usr/share/pixmaps</IconPath>
<IconPath>/usr/local/share/pixmaps</IconPath>
<IconPath>/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps</IconPath>
<IconPath>/usr/share/icons/hicolor/32x32/apps</IconPath>
<IconPath>/usr/share/icons/hicolor/24x24/apps</IconPath>
<IconPath>/usr/share/icons/hicolor/22x22/stock/image</IconPath>
<!-- </Icons> -->
то тогда все (ну или почти все) пункты меню JWM будут со значками