Если я правильно понял, то базовый модуль сделан абсолютно без WM и без ROX, т.е. можно и нужно прикручивать свое, что нравится, WM или DE , но тогда и эти файлы тоже надо почистить:
/usr/sbin/fixmenus
/usr/sbin/fixPuppyPin
/usr/sbin/ice_config.sh - нужен только для настройки IceWM
/usr/sbin/icon_switcher
/usr/sbin/icon_switcher_cli
... возможно, что и еще есть подобные файлики