Ваше мнение выглядит вполне логичным, однако, непонятно, что же с этим делать...
Вообще, на сами названия syslinux и syslinux.conf и необходимость манипуляции с этими файлами я обратил внимание ещё, когда доки читал, но... Таких файлов у меня нет. На диске совсем нет (isolinux-а, как в доках, тоже нет), а на флешке, видимо, extlinux.conf и extlinux.sys. При этом, с диска всё работает корректно, а с флешки - нет.
Или эти syslinux-ы где-нибудь "в недрах" lupu-520.sfs присутствуют - из серии "не загрузишься - не увидишь"?
А вообще, была надежда, что сборка - на то и сборка, чтобы и в установленном виде на флешку или на жесткач её компоненты оставались в подключенном виде... Так что, видимо, это я, всё-таки, как-то неправильно её устанавливаю.