~/.packages/alienpackages.txt должен иметь записи такого вида
"skype_static-2.0.0.72-ru" "skype_static 2.0.0.72-ru: " on " " \
"chrome-3.0.197.11" "chrome 3.0.197.11: Браузер Google-Chrome" on " " \
и к этим записям должны быть файлы с соответствующими названиями, в приведённом примере
skype_static-2.0.0.72-ru.files
chrome-3.0.197.11.files
Если удалена запись, её можно восстановить вручную, по образцу приведённому выше. Если удалён файл с расширением .files, который содержит список файлов установленного пакета, то удалить установленный пакет вы сможете только установив его повторно, предварительно удалив запись о его установке в alienpackages.txt.